Genómica y Biomedicina

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Type: University research groups

Acronym: Phylogenomics Lab

Coordinator name: Diana Valverde Perez

Name of the institution to which it belongs: Universidad de Vigo

Address: Phylogenomics Lab - Edificio Torre CACTI - Campus Universitario - Universidad de Vigo – 36310 – Vigo - ESPAÑA

Telephone: +34 986130050

E-mail: Send email

Web: http://darwin.uvigo.es/

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Description:
El grupo de investigación de Genómica y Biomedicina de la Universidad de Vigo, desarrolla diversas líneas de investigación, algunas de las cuales son llevadas a cabo por el grupo de Phylogenomics Lab, del cual forman parte varios equipos entre los que se encuentran:

- CPGE Lab (Computational Population Genetics and Evolution), cuyo interés se centra en entender la evolución de los organismos a nivel poblacional y molecular.
- Genómica Comparativa, que se encarga del estudio y comparación de los genomas de distintos moluscos con el fin de entender sus adaptaciones funcionales.
- Genómica Marina, que trata de responder a preguntas clave relacionadas con la evolución de los peces marinos.

Areas of expertise: Marine ecology and crops, Biotechnology applied to aquaculture, Genetics and genomics applied to aquaculture, Biodiversity and coastal ecology

Keywords: Genómica del cáncer, mutaciones, análisis filogenético y filogenómico, evolución, peces marinos, genómica comparativa.

Number of researchers: 21

Number of doctors: 9

Scopus identifier:

Open Access Scientific Repository:

Projects

Especiación e hibridación en peces marinos: Combinando estudios de genómica, ecología y comportamiento frente al cambio global

Acronym: Phylocancer

Financing program: ERC - Consolidator Grant

Financing entity: ESTATAL

Start year: 2017

Ending year: 2016

Principal investigator: Iria Fernandez-Silva

Project url: https://cordis.europa.eu/project/id/617457/es

Fish Speciation and the Origin of Tropical Marine Biodiversity: A Comparative Genomics Approach.

Acronym:

Financing program:

Financing entity: UNION EUROPEA

Start year: 2013

Ending year: 2019

Principal investigator: David Posada

Project url:

SECUENCIACION Y ANOTACION DEL GENOMA DEL MEJILLON

Acronym:

Financing program:

Financing entity: ESTATAL

Start year: 2012

Ending year:

Principal investigator:

Project url:

Phylogeography and somatic evolution of cancer tumor cells

Acronym:

Financing program:

Financing entity: European Research Council

Start year: 2014

Ending year:

Principal investigator:

Project url:

Publications

Macroalgae to nanoparticles: Study of Ulva lactuca L. role in biosynthesis of gold and silver nanoparticles and of their cytotoxicity on colon cancer cell lines

Authors: González Ballesteros, N. Rodríguez-Argüelles MC Prado López S Mariano Lastra M. Grimaldi A. Cavazza Nasi, Lucia G. Salviati F. Bigi

Year of publication: 2019

Journal: Materials Science & Engineering C-Materials for Biological Applications

DOI: http://doi.org/10.1016/j.msec.2018.12.066

Coral reef grazer-benthos dynamics complicated by invasive algae in a small marine reserve

Authors: Stamoulis KA Friedlander AM Meyer CG Fernández-Silva, I. Toonen RJ

Year of publication: 2017

Journal: Scientific Reports

DOI: http://doi.org/Scientific Reports

RNA-Seq in Mytilus galloprovincialis: Comparative transcriptomics and expression profiles among different tissues

Authors: Moreira, R. Pereiro, P. Canchaya, C. Posada, D. Figueras, A. Novoa, B.

Year of publication: 2015

Journal: BMC GENOMICS

DOI: http://doi.org/10.1186/s12864-015-1817-5

Patents

Identificación genética de las especies europeas del género Maja (centollas)

Inventors: Graciela Sotelo Fernández Paloma Morán Martínez David Posada González

Reference: ES2366289A1

Presentation year: 2010

Titular institutions: Universidad de Vigo

Procedemento para a identificación xenética da centola europea do atlántico (Maja brachydactyla)

Inventors: G. Sotelo Fernández P. Morán Martínez D. Posada González

Reference: ES2342525

Presentation year: 2008

Titular institutions: Universidad de Vigo

Infraestructure

Software
jMODELTEST 2: High Performance Computing selection of models of nucleotide substitution. (jmodeltest.org server)
PROTTEST 3: High Performance Computing selection of empirical models of aminoacid replacement
ProtASR: Ancestral sequence reconstruction of proteins accounting for structural constraints.
CoalEvol: Simulation of DNA/codon/aa sequences under different population models.
SGWE: Simulation of genome-wide evolution using CoalEvol.
CodABC: Coestimation of recombination, substitution and dN/dS using approximate Bayesian computation.
ALTER WEB SERVER: Program-oriented alignment format converter.
NETRECODON: Simulation of coding sequences with intracodon recombination, migration and growth.
TCS: Reconstruction of phylogenetic networks from DNA sequences using statistical parsimony. Now maintained by Mark Clement at BYU.

Services

Estudios genéticos

Service description:
Estudio genómico personalizado de tumores. Análisis evolutivo de datos genéticos de virus, cáncer y humanos (entre otros). Secuenciación de DNA. Diversidad genética y diferenciación genética. Estimación de parámetros evolutivos (sustitución, recombinación, selección, etc.). Análisis filogenéticos y filogenómicos. Diseño, desarrollo e implementación de modelos y métodos para el análisis evolutivo de datos genéticos. Calculo computacional de altas prestaciones

Type of service: Consultancy

Service URL:

Cursos

Service description:
Análisis genómico. Bioinformática.

Type of service: Training/Education

Service URL: